（一）特許經營中商業秘密的表現形式
　　
　　特許經營權客體中不屬于專門法保護，由特許人采取保密措施，并能為特許人帶來經濟或競爭優勢的信息都可作為特許人的商業秘密。
　　
　　《商業特許經營管理辦法》第二條規定：特許經營是指通過簽訂合同，特許人將有權授予他人使用的商標、商號、經營模式等經營資源，授予被特許人使用，被特許人按照合同約定在統一經營體系下從事經營活動，并向特許人支付特許經營費。特許經營的本質是特許人利用自己的知識資本與他人的貨幣資本相結合來擴大規模，擴大市場占有率，提高品牌影響力。這種商業運作模式可以實現特許人和被特許人互利雙贏的目的。特許經營權是特許經營的核心，主要由商標、商號、專有技術、商業渠道、供求信息、經營管理訣竅等構成。其中注冊商標、專利、產品包裝是法律授予專有性權利的傳統知識產權，由商標法、專利法給予規范和保護。商號是企業名稱的重要組成部分，由企業名稱管理辦法的相應規定予以規范和保護。專有技術、商業渠道、供求信息、經營管理訣竅、產品配方、工藝流程、經營手冊等屬于特許人的商業秘密，是一種特許人自己開發或者通過實踐掌握能為其帶來現實或潛在競爭優勢和經濟優勢并采取保密措施的綜合性信息。
　　
　　（二）特許經營中商業秘密的特點
　　
　　1.商業秘密的權利主體具有多元化特點
　　
　　一般經營中，所有人自己使用其商業秘密。基于競爭考慮，所有人會采取保密措施，盡可能減少知悉者的數量，使其商業秘密控制在特定范圍內。特許經營的運作方式決定了特許人必須將特許權許可被特許人使用。就特許權中的商業秘密而言，特許人是商業秘密的所有人，被特許人是商業秘密的使用人，他們都是商業秘密的權利人。特許經營的特點決定特許經營中商業秘密的權利主體多元化特征明顯。
　　
　　2.商業秘密的外部使用特征明顯
　　
　　一般經營中，商業秘密以內部使用為主，商業秘密權表現為經營者對商業秘密的占有、使用、收益。特許經營中，商業秘密對外許可使用特征明顯，商業秘密權主要表現為特許人的許可使用權。商業秘密是一種知識產權，對知識產權給予法律保護的本質在于鼓勵發明創造，使人類智力活動的成果盡快地應用于相關產業，帶來產業的進步和經濟的發展。特許經營這種商業模式可謂是商業秘密得以最充分利用的典范。
　　
　　3.商業秘密易泄露、保護難度大
　　
　　基于以上兩個特點，特許經營中商業秘密泄露的渠道多，特許經營體系的復雜性加大了商業秘密保護的難度。商業秘密保護成為特許權保護中的一個難點問題。
　　
　　商業秘密對特許經營的意義
　　
　　（一）商業秘密是特許經營體系得以維系的前提和基礎
　　
　　特許經營權中的商標、商號、店鋪設計、員工服裝只是特許經營體系外在識別的標志，而商業秘密尤其是產品配方、專有技術、經營訣竅是保證特許經營產品、服務內在質量一致的關鍵，是特許經營體系得以維系的前提和基礎。特許經營中缺少這些內容的許可使用，在不同位置的肯德基、麥當勞店面中，漢堡、炸雞腿的味道就會各不一樣，不符合特許經營商業運作模式特點。
　　
　　（二）商業秘密使特許經營能夠長期保持其競爭和經濟優勢
　　
　　競爭是市場經濟的基本機制，經營者要想立足于不敗之地，商業秘密是其秘密武器。特許經營正是依靠其特有的經營模式、獨特配方贏得優勢地位的。假如可口可樂或全聚德的秘密配方和工藝被公開，其產品與企業的核心競爭力將會受到致命打擊，其后果難以想象。
　　
　　（三）商業秘密豐富了特許權的內容，強化了對特許人無形資產的保護
　　
　　商業秘密自身特點決定了商業秘密在特許經營中的重要性。特許經營權中傳統知識產權是特許人智力成果中內容和外延特定，有確定法定保護期限，特許人對其擁有法定壟斷權的無形資產。而商業秘密范圍廣、包容性強的特點豐富了特許權的內容，加強了對特許人無形資產的保護。特許經營權中除了傳統知識產權和商號外，只要符合商業秘密構成條件的信息都可作為商業秘密給予保護。
　　
　　特許經營中商業秘密保護的特殊性
　　
　　特許經營中商業秘密的保護有著與一般商業秘密保護共同的一面，即特許人作為商業秘密的權利人會針對商業秘密泄露的常規渠道，如內部員工的泄漏、其他合作者的泄密，第三人通過不正當手段獲取而采取相應措施。但鑒于商業秘密對特許經營的重要性，商業秘密泄露對特許經營的危害性，特許經營體系的復雜性，法律對商業秘密保護事后性的特點，決定了特許人對商業秘密的保護有著與一般商業秘密保護不同的一面，即特許人需要針對被特許人及其員工有針對性地采取措施，保護自身的商業秘密。這是特許經營中商業秘密保護的特殊要求。
　　
　　商業秘密對特許經營具有重要意義，因此特許經營中商業秘密保護問題已成為各國特許經營法中的必有內容。我國2004年12月8日商務部發布的《商業特許經營管理辦法》第十二條規定：“被特許人有保守特許人商業秘密的義務”；第十三條規定：“特許經營合同必須包括保密條款內容”；第二十一規定：“在特許經營期間及特許經營合同終止后，被特許人及其雇員未經特許人同意，不得泄露、使用或者允許他人使用其掌握的特許人的商業秘密。”第二十二條規定：“未與特許人簽訂特許經營合同，但通過特許人的信息披露而知悉特許人商業秘密的人和申請人，應當承擔保密義務。未經特許人同意，不得泄露、向他人披露或者轉讓特許人的商業秘密。”這些內容成為特許經營中商業秘密受保護的直接法律依據。特許經營合同是合同中的一種，因此我國《合同法》成為特許經營中保護、救濟商業秘密的法律依據。
　　
　　特許經營實踐中最常用的商業秘密保密措施就是在特許經營合同中訂立商業秘密保密條款，使被特許人及其員工承擔起商業秘密保護的義務。保密條款的大致內容為：許可使用商業秘密的范圍；除非商業秘密已合法地變為公知信息，被特許人在整個特許期間以及特許結束后的一定期間不得使用商業秘密；被特許人在特許期間以及特許期間結束之后均不得向第三人披露商業秘密；被特許人必須要求其雇員承擔相同的保密義務；被特許人有義務向特許人回授在特許權實施中獲取的任何經驗。并許可特許人或者其他被特許人對所生的技術秘密享有非獨占的使用權。在特許經營中特許人的商業秘密因特許受到侵害的，特許人可依照《合同法》，追究被特許人及其員工的法律責任。在合同期內有關義務人違反合同約定的，特許人可依合同法追究其違約責任。因故被特許人未與特許人簽訂特許經營合同，但通過特許人的信息披露而知悉特許人商業秘密的有關人員，應當承擔保密義務。特許經營結束之后的特定期間，被特許人及其員工負有競業禁止的義務，違反該義務使用特許人商業秘密從事商業活動的，特許人可追究其違反后合同義務的法律責任。
　　
　　法律對商業秘密的保護是事后救濟性的保護。而且根據目前我國商業秘密保護相關法律的規定，事后的侵權救濟以權利人的直接損失為依據。商業秘密作為特許人的秘密武器，泄露后特許人失去的不僅僅是經濟利益，重要的是競爭優勢的喪失和特許經營體系的破壞。這些都是無法用直接經濟利益衡量的。特許經濟的特點決定了特許經營中商業秘密的保護應以特許人針對被特許人及其員工的事前、事中保護為主，以防患于未然。